Īneh nya sistem sekolah tersebut membuat mereka ke lima belas siswa harus bertahan hidup selama di dalam sekolah tersebut. Dari lima belas kandidat yang masuk sekolah tersebut tahun ini, Makoto Naegi adalah siswa biasa saja yang di terima di sekolah tersebut dengan kemampuan yang biasa-biasa. Siswa yang berhasil mendaftar akan menerima sebuah buku pendoman sendiri, sesuai dengan kemampuan dan sifat mereka. Danganronpa: Kibou no Gakuen to Zetsubou no Koukousei The Animation bercerita tentang Akademi Harapan adalah sekolah SMA elit yang hanya menerima siswa yang paling berbakat di antara Siswa-siswa lain yang ada di seluruh negri.
